U početku je cilj inkvizicije bio sljedeći - iskorijeniti herezu. A inkvizitori navodno nisu željeli ništa drugo. Međutim, da bi iskorijenili herezu, trebali su iskorijeniti heretike. A da bi se iskorijenili heretici, bilo je potrebno iskorijeniti i njihove pristaše i branitelje.
To se može učiniti, prema učenjima crkve tog vremena, na dva načina:
- preći na pravu vjeru (katoličanstvo);
- spaliti tijela heretika u pepeo.
Inkvizicija je koristila obje metode. Često istovremeno.
Prethodna istraga
Taj je postupak započeo odmah nakon što je osoba osumnjičena za herezu koja se mogla temeljiti na bilo kojem otkazivanju. Uz inkvizitora, preliminarnoj istrazi uvijek su bili nazočni tajnik i dva redovnika. Njihova je uloga bila nadgledati svjedočenje i osigurati da je svjedočenje ispravno zabilježeno.
Sama istraga sastojala se od samo jedne jednostavne akcije: pozvani svjedoci su intervjuirani na temu denuncijacije kako bi se utvrdilo slažu li se s tim. A ako je barem jedan od svjedoka potvrdio svoj pristanak, osumnjičenik za herezu je uhićen.
Ispitivanje i suđenje
Ispitivanje, temeljeno na korištenju prilično okrutnog mučenja (stalak, "španjolska čizma", mučenje na vodi i tako dalje), imalo je za cilj samo jedan cilj - priznanje. A ako osoba nije mogla izdržati i priznala barem jednu od hereza koje su joj se pripisivale, tada je automatski postala kriva za sve ostale.
A osim toga, heretik se nakon priznanja više nije mogao braniti: vjerovalo se da je njegov zločin dokazan. Nakon toga, inkvizitore je zanimalo samo jedno - želi li se optuženi odreći hereze. Ako je pristao, crkva se pomirila s njim nakon nametanja pokore. Ako je odbio, bio je izopćen.
I u oba slučaja, heretik je predan svjetovnom sudu zajedno s preslikom presude i sljedećom rečenicom: "neka bude kažnjen prema svojoj pustinji", što je u stvari značilo, naravno, smrt.
Auto-da-fe
U ovom stanju stvari, svjetovni sud bio je samo formalnost, nakon čega je heretik poslan na lomaču. Inkvizitori, kao ministri crkve, sami nisu mogli osuđivati na smrt i stoga su tu žalosnu dužnost predali svjetovnim vlastima.
Optuženi je, ako se odrekao hereze, primio posljednju milost - krvnik ga je zadavio posebnim užetom prije nego što je izbio požar. Onaj koji je ustrajao u herezi živ je izgorio.
